Η Facebook Inc έφερε το χαρακτηριστικό «Secret Conversations» στο Messenger το οποίο στην ουσία ασφαλίζει τις συνομιλίες για να μην πέσουν τα περιεχόμενά τους σε λάθος χέρια. Αυτό το καταφέρνει με το Signal Protocol, ένα λογισμικό της Open Whisper Systems που κρυπτογραφεί τα μηνύματά σας (το ίδιο χρησιμοποιεί και το WhatsApp). Μόλις ξεκινήσετε μια “μυστική συζήτηση” από το κινητό σας δεν θα μπορείτε να στείλετε GIFs ή να κάνετε κλήσεις, και δεν μπορείτε επίσης να συνεχίσετε την συνομιλία από άλλη συσκευή ή από το web. Ακόμη, ο χρήστης μπορεί να ορίσει σε μια μυστική συζήτηση πότε θέλει τα μηνύματα να αυτοκαταστραφούν βασίζοντας ένα χρονόμετρο (μπορεί να ορίσει από 5 λεπτά έως 24 ώρες). Το χαρακτηριστικό είναι διαθέσιμο σε όλους όσους κατεβάσουν την τελευταία έκδοση του Messenger.
